В 1941–1942 гг. в результате эвакуации гражданского населения и перемещения войск с запада на восток в населенных пунктах и на транспорте скапливались огромные массы людей. Все это приводило к возникновению очагов заболевания сыпным, брюшным и возвратным тифом. Вшивость среди сельского населения была повсеместной, заболеваемость сыпным тифом имела эпидемический характер, были вспышки брюшного тифа, туляремии.
Например, в течение первого года войны заболеваемость дизентерией на Ленинградском фронте составляла свыше 50% от заболеваний по всей действующей армии.
В армии для борьбы с эпидемиями были созданы санитарно-контрольные пункты, дислоцируемые на крупных и узловых железнодорожных станциях. Были сформированы санитарно-эпидемиологические отряды, обмывочно-дезинфекционные роты армейского звена, инфекционно-полевые подвижные госпитали, прачечно-дезинфекционные отряды, санитарно-эпидемиологические лаборатории.
Гигиеническими противоэпидемическими подразделениями военно-медицинской службы за время войны, в частности, было обследовано 44 696 населенных пунктов, выявлено 49 612 очагов сыпного тифа, 137 364 больных сыпным тифом.
Было вымыто 5 398 680 человек гражданского населения, построено 4500 бань, 3000 дезинфекционных камер. К началу перехода наших войск в наступление на всех фронтах медицинская служба располагала мощной и стройной организацией, позволявшей обеспечивать противоэпидемическую защиту.